TeraChem 설치

CUDA를 지원하는 분자역학 프로그램이다.

관련 프로그램은 NVIDIA 홈페이지에서 확인하시길 바라며....

우선 PetaChem.com 홈페이지에서 간단한 몇가지 사항을 작성하고 나서
다운로드 링크와 계정 그리고 패스워드를 메일로 받아서 소스를 다운로드 할 수 있다.

영문페이지이지만 이름, 메일주소, 어디다 TeraChem을 사용할거냐 이런거만 작성하면 된다.


하루정도 기간이 걸리니까 느긋이 기다리다가 메일이 오면 해당링크로 연결해서 다운받으면 되고
해당 소스코드를 CUDA를 설치한 64bit Linux 에 업로드 후 설치 과정을 살펴보자.
CUDA만 제대로 설치되어있고 지원하는 GPU만 설치되어 있다면 별 무리 없이 설치가 가능할것이다.

[chemzine@chemzine ~]$ ls
cudasdk_2.3_linux.run  NVIDIA_GPU_Computing_SDK  tcv3.tar
[chemzine@chemzine ~]$ tar xvf tcv3.tar

## 압축해제를 위한 명령이며 옵션은 상이할 수 있음
## 리눅스 명령어 관련 카테고리를 생성해서 정리해볼 예정임 ㅡㅡㅋ

./TCInstaller/
./TCInstaller/deviceQuery
./TCInstaller/install
./TCInstaller/LICENSE
./TCInstaller/NumGPUs
./TCInstaller/terachemb3.tar.gz
./TCInstaller/userguide3.pdf
[chemzine@chemzine ~]$ cd TCInstaller
[chemzine@chemzine TCInstaller]$ ls
deviceQuery  install  LICENSE  NumGPUs  terachemb3.tar.gz  userguide3.pdf
[chemzine@chemzine TCInstaller]$ ./install
******************************************
Install script for TeraChem Beta Version 2
Copyright 2009, PetaChem, LLC
******************************************
 
CUDA Driver Version 190 detected
You have 1 TeraChem-compatible GPUs in your system.
Do you promise to read the following license carefully? [yes/NO] yes

.................. 중략......................................................
Molecular Dynamics, Journal of Chemical Theory and Computation,
5:2619-2628, 2009.?
Electronic documents will include a direct link to the official TeraChem
--More--(44%)

.................. 중략......................................................

## 엔터를 눌러가면서 라이센스를 읽고 넘어가다 보면 100% 상에서
##추가 입력 부분이 있는데 다시 같은 과정을 반복할 수 있으니 천천히 ㅋㅋ

Do you accept? [yes/no]
yes
Prefix of directory to install TeraChem[ /home/user/chemzine ]:
엔터 혹은  설치경로 지정

TeraChem Beta has been installed in /home/user/chemzine/TeraChem

Please set the environment variables as follows:
export OMP_NUM_THREADS=2
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/chemzine/TeraChem/libs:$LD_LIBRARY_PATH

To run terachem:
   source /home/user/chemzine/TeraChem/SetTCVars.sh
   /home/user/chemzine/TeraChem/terachem inpfile
where inpfile is a valid TeraChem input file

## 설치 완료
## TeraChem 을 사용하기 위해서 환경설정을 하라는 안내이며
## 계정 최상위 디렉토리의  .bash_profile 파일에 성정을 하던지
## TeraChem 사용전에
## source /home/user/chemzine/TeraChem/SetTCVars.sh 명령으로
## TeraChem을 사용할 수 있도록 환경설정을 실행하라는 말임


[chemzine@chemzine TCInstaller]$ cd
[chemzine@chemzine ~]$ ls
cudasdk_2.3_linux.run     TCInstaller  TeraChem
NVIDIA_GPU_Computing_SDK  tcv3.tar
[chemzine@chemzine ~]$ cd TeraChem
[chemzine@chemzine TeraChem]$ ls
basis  libs  molecules  SetTCVars.sh  terachem  tests  userguide3.pdf
[chemzine@chemzine TeraChem]$ vi SetTCVars.sh
export TeraChem=/home/user/chemzine/TeraChem
export OMP_NUM_THREADS=2
export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/chemzine/TeraChem/libs:$LD_LIBRARY_PATH
## /home/user/chemzine/TeraChem/SetTCVars.sh v파일의 내용이다.

설치가 끝났으니 실제로 계산을 하기 위한 input 파일 형식 및 작성법 등을 다음 시간에 알아보자.